Urodził się 3 listopada 1867 r. w Przyłbicach w pow. Jaworów w rodzinie ziemiańskiej. 

Od 1877 r. uczęszczał do gimnazjum we Lwowie, a następnie w Przemyślu i Krakowie.

W 1885 r. otrzymał maturę.

W latach 1885-1888 był słuchaczem Akademii Wojskowo-Technicznej w Mödling, uzyskując stopień ppor. artylerii.

Od 1888 r. do 1890 r. służył w III dywizjonie artylerii polowej w Jarosławiu.

W okresie pomiędzy sierpniem 1891 r. a czerwcem 1892 r. był słuchaczem Szkoły Jazdy w Wiedniu.

W styczniu 1892 r. uzyskał stopień porucznika artylerii.

W latach 1892-1894 był dowódcą 1 pułku artylerii polowej w Przemyślu.

Następnie studiował w Szkole Sztabu Generalnego w Wiedniu (1894-1896).

Po jej ukończeniu służył w sztabie LIII brygady piechoty i 27 dywizji piechoty.

W listopadzie 1898 r. mianowany dowódcą 1 baterii 19 pułku artylerii w Oradei. Rok później awansowany do stopnia kapitana.

Od listopada 1899 r. do lutego 1904 r. był oficerem sztabu 12 dywizji piechoty.

W latach 1904-1905 w czasie wojny rosyjsko-japońskiej pełnił funkcję austriackiego attaché wojskowego przy armii rosyjskiej w Mandżurii.

Od października 1905 r. do grudnia 1906 r. był oficerem sztabu 3 dywizji kawalerii. Następnie pracował w Biurze Ewidencyjnym Sztabu Generalnego w Wiedniu.

W kwietniu 1907 r. powrócił do 3 dywizji kawalerii jako szef sztabu.

W listopadzie tego roku awansował do stopnia majora.

Jesienią 1909 r. został dowódcą dywizjonu 1 pułku artylerii polowej.

W maju 1912 r. przeniesiony do Sztabu Generalnego i awansowany na podpułkownika.

Od lipca tego roku pełnił funkcję austriackiego ataché wojskowego w Rzymie.

W maju 1914 r. awansowany na pułkownika.

Po wybuchu I wojny światowej początkowo objął funkcję szefa sztabu obszaru lwowskiego w dowództwie 3 Armii (1 IX), a następnie szefa sztabu II korpusu (24 IX).

We wrześniu 1915 r. mianowany dowódcą XXX brygady artylerii.

Po przeniesieniu do Legionów Polskich od lipca 1916 r. był dowódcą III Brygady.

Od 14 listopada 1916 r. do 24 kwietnia 1917 r. pełnił funkcję komendanta Legionów.
Następnie, już w stopniu generała majora, mianowany generalnym gubernatorem austriackiej okupacji z siedzibą w Lublinie.

19 lutego 1918 r. po podpisaniu przez państwa centralne traktatu brzeskiego z Ukraińską Republiką Ludową podał się do dymisji.

Przeniesiony na front włoski, służył w LXXXV brygadzie piechoty, od lipca 1918 r. pełniąc funkcję jej dowódcy.

Do Wojska Polskiego wstąpił 1 listopada 1918 r. Decyzją Rady Regencyjnej mianowany Generalnym Inspektorem WP.

Od 15 listopada 1918 r. był organizatorem i szefem Sztabu Generalnego WP.

W nocy z 4 na 5 stycznia 1919 r. skutecznie przeciwstawił się grupie spiskowców z płk Marianem Januszajtisem na czele, która próbowała dokonać zamachu stanu.

6 lutego 1919 r., wobec krytyki działań  zbrojnych prowadzonych w Małopolsce Wschodniej, na własną prośbę został urlopowany.

Od kwietnia 1919 r. pełnił funkcję dowódcy Frontu Litewsko-Białoruskiego.

31 marca 1920 r. objął dowództwo nad 4 Armią. W tym czasie mianowany generałem broni.
Z powodu konfliktu z Naczelnym Wodzem 31 lipca 1920 r. zdymisjonowany.

1 września 1921 r. został Inspektorem Armii w Krakowie.

W gabinecie Wincentego Witosa od czerwca do grudnia 1923 r. pełnił funkcję ministra Spraw Wojskowych.

Od 15 grudnia 1923 r. do 10 czerwca 1926 r. ponownie Inspektorem Armii w Krakowie.

Podczas zamachu majowego opowiedział się po stronie rządu.

30 czerwca 1926 r. na własną prośbę przeniesiony w stan spoczynku.

Zamieszkał w Krakowie, nie angażując się w działalność polityczną. Pełnił funkcję prezesa Krajowego Towarzystwa Naftowego.

W czasie II wojny światowej nie uczestniczył w ruchu oporu. Po jej zakończeniu w maju 1945 r. objął funkcję prezesa PCK.

Zmarł 9 października 1950 r. w Korczynie koło Krosna. Tam też został pochowany.

Stanisław Szeptycki był odznaczony m.in. orderem Virtuti Militari II i V kl., orderem Polonia Restituta II kl., czterokrotnie Krzyżem Walecznych i Złotym Krzyżem Zasługi.