Urodził się 17 października 1865 r. w Oszmianie w rodzinie szlacheckiej.

Po ukończeniu gimnazjum klasycznego  w Wilnie i uzyskaniu matury, rozpoczął naukę w Oficerskiej Szkole Piechoty w Rydze (1888).

W następnych latach służył w armii rosyjskiej, m.in. w 136 pułku piechoty. Brał udział w wojnie rosyjsko-japońskiej (1904-1905).

Od 1912 r. był członkiem tajnego Związku Walki Czynnej w Rosji.

Po wybuchu I wojny światowej od 1915 r. walczył w szeregach Brygady Strzelców Polskich, sformowanej przy wojsku rosyjskim, dowodząc  batalionem. W 1917 r. mianowany pułkownikiem.

Od stycznia 1917 r. do maja 1918 r. w I Korpusie Polskim w Rosji, m.in. jako  dowódca Dywizji Strzelców.

Po rozbrojeniu I KP przedostał się na Kubań, gdzie w lipcu 1918 r. został dowódcą 4 Dywizji Strzelców. Awansowany do stopnia generała.

Na czele podległych mu oddziałów zajął Odessę. Przedostając się przez austriacki kordon, poprzez Rumunię w kwietniu 1919 r. dotarł do Polski, zajmując Tarnopol.

Od kwietnia 1919 r. do kwietnia 1920 r. pełnił funkcję dowódcy grupy operacyjnej w rejonie Mińska na Białorusi.

Następnie do października 1920 r. dowodził 10 dywizją piechoty.

W październiku 1920 r. mianowany dowódcą 1 Dywizji Piechoty Litewsko-Białoruskiej. Na jej czele, z rozkazu Józefa Piłsudskiego, zajął Wilno i Wileńszczyznę, proklamując utworzenie Litwy Środkowej.

W latach 1921-1925 pełnił obowiązki Inspektora Armii w Warszawie. W 1923 r. uzyskał stopień generała broni.

Od 27 listopada 1925 r. do 10 maja 1926 r. w gabinecie Aleksandra Skrzyńskiego pełnił funkcję ministra Spraw Wojskowych.

W czasie zamachu majowego w 1926 r. poparł J. Piłsudskiego.

Następnie  powrócił na stanowisko Inspektora Armii.

W 1927 r. przeszedł w stan spoczynku i osiadł w swoim majątku Andrzejewo w pow. wileńskim.

Od 1928 r. pełnił funkcję prezesa Kapituły Orderu Polonia Restituta.

Od 1929 r. był członkiem Trybunału Stanu.

W latach 1935-1939 był posłem na Sejm z ramienia Bezpartyjnego Bloku Współpracy z Rządem (BBWR).

We wrześniu 1939 r., jako cywil,  współpracował z dowództwem Frontu Południowego.
Następnie przedostał się do Francji.

Po ewakuacji w 1940 r. do Wielkiej Brytanii został członkiem Rady Narodowej RP oraz kanclerzem Kapituły Orderu Virtuti Militari.

Zmarł 9 lipca 1947 r. w Londynie. Jego zwłoki przewieziono do Warszawy i pochowano na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach.

Lucjan Żeligowski odznaczony był m.in. orderem Virtuti Militari II i V kl., Polonia Restituta I kl., czterokrotnie Krzyżem Walecznych oraz Krzyżem Niepodległości.